Повсюду на Руси глубоко почитали и любили скорых помощников в сельских трудах и скорбях, покровителей скота — мучеников Флора и Лавра. Особенно часто возводили храмы во имя этих святых жители ямских слобод. В 60-е — 90-е годы XV в. на Руси была создана едва ли не лучшая в то время почтовая служба — «ямская гоньба», оформившаяся в цар ствование Иоанна Грозного созданием Ямского приказа. Ямская гоньба в России была на диво спорой: новости пересекали бескрайние русские просторы с немыслимой для европейских стран скоростью.
В это время на Каширском тракте (современное Кашир ское шоссе), на расстоянии одного «гона» от Зацепы и появилось ямщицкое поселение, которое называлось Старофроловский Ям или просто Старый Ям. Такое название оно получило после слияния Старофроловского погоста с селом Ям.
Начало истории села и его церкви восходит к XIII веку. Первое упоминание села Ям в документах относится к 1543 г., а первые документальные сведения о церкви появляются в XVII в. Не позднее 1646 г. в церкви был устроен придел во имя святителя Николая Чудотворца. В 1706 г. Петр I пожаловал Старый Ям вместе с Домодедовской волостью князю А. Д. Меншикову. После опалы князя село вновь передали в дворцовое ведомство. Жители села, стоящего на одной из главных дорог России, были свидетелями многих исторических событий, в том числе флангового маневра русской армии в Отечественную войну 1812 г. Тогда в Старом Яму стоял казачий полк полковника Харитонова.
Церковь святых мучеников Флора и Лавра с Никольским приделом несколько раз перестраивалась, но до конца XVIII в. оставалась деревянной. 3 августа 1791 г. митрополит Московский и Коломенский Платон выдал храмозданную грамоту на строительство каменной церкви во имя святых мучеников Флора и Лавра с приделами во имя святых апостолов Петра и Павла и святителя Николая. В 1819 г. она записана как каменная и крытая железом.
По инициативе священника Ф. Т. Шеметова в начале 50-х годов XIX в. архитектором А. Елагиным был разработан проект перестройки трапезной и колокольни храма, и получено разрешение на перестройку. Работы велись за счет добровольных пожертвований прихожан. В 1855 г. строительство колокольни завершили, а к 1863 г. устроили более обширные приделы, один из которых — во имя святителя Николая — освятил сам митрополит Московский Филарет (Дроздов).
В 1837 г. при церкви была устроена богадельня, ставшая затем женской общиной, которая впоследствии была преобразована в женский Крестовоздвиженский монастырь.
Заслугой служителей церкви Флора и Лавра является и открытие в селе церковно-приходских школ. Первую школу открыло удельное ведомство еще в 60-е годы XIX в. В 1868 г. в ней обучалось 54 мальчика. Но после передачи земству она из-за нехватки средств закрылась, а дом, в котором она размещалась, был продан.
В конце XIX в. Старый Ям стал центром Старо-Ямского благочиния. Благочинным был священник Флоро-Лаврского храма отец Иоанн Никитин. Священником в храме стал отец Петр Колосов, диаконом служил отец Петр Минервин. К тому времени село Старый Ям было самым крупным на территории современного Домодедовского района. Оно имело 157 дворов и около тысячи жителей, а рядом с ним располагался дачный поселок. «Приход села Старого Яма, — писал благочинный протоиерей Николай Сироткин, — самый богатый в благочинническом округе, многолюдный по числу душ, древний по времени существования. Само село Старый Ям торговое и большое, как город. Население прихода зажиточное. Храм очень большой и богатый». В 1917 г. в приходе церкви Флора и Лавра значилось уже 385 дворов и 2145 прихожан обоего пола. Доходы церкви от кружечного сбора, сдачи в аренду церковных земель, продажи свечей и других источников за этот год составили почти 10 тыс. рублей.
С приходом советской власти начались ожесточенные гонения на Церковь. Настоятелем храма в послеоктябрьское время оставался отец Петр Колосов. В 1920 г. в Старом Яму и его окрестностях началась эпидемия тифа. Отец Петр ходил по домам больных, причащал заболевших, напутствовал в вечную жизнь умирающих, отпевал умерших. Эта же страшная болезнь унесла и его жизнь Великим постом 1920 г., было ему тогда сорок восемь лет. Сменил настоятеля его родной брат Константин Павлович Колосов, окончивший Московскую духовную семинарию и бывший в 1907—1920 гг. священником Казанской церкви села Богородское.
Когда началась кампания по изъятию церковных ценностей, диакон храма отец Петр Минервин выступил против святотатцев, убеждал прихожан отстаивать церковные сокровища. За это он был арестован.
Согласно сохранившимся документам, из храма святых мучеников Флора и Лавра изъяли 32,5 килограмма предметов с драгоценными металлами и камнями. В их числе было девять драгоценных риз с икон, два креста, четыре лампады, ковш, две звездицы, две чаши и три тарелочки, т. е. богослужебные предметы, к которым не может даже прикасаться человек, не имеющий сана.
В 1929 г. в Старый Ям приехал отец Ярослав Савицкий с матушкой Ольгой Федоровной и дочерью Ниной. Много лет этот мужественный священник боролся за сохранение храма и окормлял свою паству.
После ареста отца Ярослава в 1937 г. богослужения в храме не совершались. Долгое время церковь удавалось сохранять от поругания и разрушения. Но все же местные власти заполучили ключи от храма и в 1940 г. решили уничтожить колокольню. После взрыва колокольня рухнула — столб пыли поднялся высоко в небо. Многие ясно видели, как огромная птица вылетела из клубов этой пыли, взмыла ввысь и скрылась. Потом стали выносить иконы, разбивать их и жечь. Особенно старались местные коммунисты. Церковную утварь бросали в Пахру. Через много лет, когда чистили русло реки, вместе с песком вытаскивали со дна предметы из храма. В храме устроили зерновой склад колхоза «Ямской», а затем мастерскую по ремонту сельхозтехники. Так некогда величественный дом Божий пришел в полное запустение…
В 1990 г. церковь святых мучеников Флора и Лавра возвратили верующим. Настоятелем храма был назначен священник Валерий Ларичев, духовный сын иеросхимонаха Сампсона (Сиверса, 1898—1979), бывший до хиротонии врачом-психиатром. Так началось возрождение поруганной святыни и приходской жизни. Первое богослужение в полуразрушенном храме состоялось в Великую Субботу 14 апреля 1990 г. в Никольском приделе.
Много потрудилась для возвращения храма Клавдия Тимофеевна Самкова. Ее энергия и настойчивость заставили бывших арендаторов освободить здание церкви. До 1992 г. в восстановлении храма большое участие принимал Н. Н. Буданов, а с 1993 г. по настоящее время все работы по восстановлению храма и устроению прихода ведутся под руководством казначея храма М. Ф. Андриановой.
В работах по росписи храма более всех потрудились Н. А. Крапивенцева и Н. И. Орешко. По оригинальному проекту иконописца Владимира Сидельникова было завершено устройство иконостасов храма и приделов.
Ныне храм приобрел первозданную красоту, заново отстроена огромная колокольня. В храме и приделах воссозданы иконостасы, написаны иконы местного ряда. Более десяти лет заняла работа по реставрации росписи сводов храма и алтаря. Благотворителями пожертвованы колокола, и теперь колокольный звон слышен во многих окрестных деревнях и поселках.
С самого открытия храма начала действовать воскресная школа для детей, которой заведовала супруга настоятеля Маргарита Аркадьевна Ларичева. Ее трудами и заботами храм обрел свое лицо — она шила облачение для храма и для священников, хоругви и все необходимое для праздничного убранства церкви. 17 декабря 1999 г. матушка Маргарита скончалась и была погребена на приходском кладбище возле храма. В 2000 г. отец Валерий после смерти су пруги принял монашеский постриг, а с 1996 г. и поныне, по благословению митрополита Ювеналия, несет послушание епархиального духовника.
В здании церковно-приходской школы дореволюционной постройки проведена реконструкция и создан православный детский центр, в котором работают кружки живописи, хорового и вокального пения, настольного тенниса, проводятся развивающие занятия для малышей. Имеется библиотека духовной литературы, осуществляется издательская деятельность. Построено здание, в котором размещены часовня во имя Иерусалимской иконы Божией Матери, церковный магазин и приходской совет.
В течение многих лет при храме проводится работа по реабилитации людей, зависимых от алкоголя и наркотиков. Совершается ежедневное чтение Акафиста Божией Матери «Неупиваемая Чаша» о страдающих грехами винопития, наркотической и игровой зависимости. Ныне воссоздается когда то существовавшее при храме сестричество по монашескому уставу, в задачи которого входит окормление престарелых и болящих монахинь, чтение Псалтири по живым и усопшим, материальная и духовная помощь беременным женщинам, которых удалось убедить не совершать грех детоубийства, помощь находящимся в госпиталях раненым воинам. Кроме того, ежемесячно по пятницам совершаются молебны Спасителю и Божией Матери о всех кающихся в грехе детоубийства, собирающие множество женщин со всех концов Московской земли.
Восстанавливаются и древние традиции приходской жизни. Каждый год 31 августа, в день святых мучеников Флора и Лавра, на площади перед храмом совершается праздничный молебен. Священники окропляют святой водой лошадей, а потом начинается особенно радостное и долгожданное для детей катание на лошадях.
Апогеем многолетнего кропотливого труда в деле восстановления храма и возрождения духовной жизни стало Великое освящение Флоро-Лаврской церкви, которое состоялось 29 ноября 2009 г. Возглавил торжество митрополит Ювеналий в сослужении благочинных Домодедовского, Видновского, Мытищинского, Воскресенского, Наро-Фоминского и Ступинского церковных округов, а также клириков Домодедовского благочиния. Поистине этот день стал праздником не только для прихожан храма, но и для многих гостей, присутствовавших за богослужением.
